Rodiče Caina pojmenovali po spisovateli Haratiu Algerovi. Než se přestěhoval do Miami, pracoval Caine v New Yorku jako detektiv v NYPD. Tam také zabil vraha své matky – svého vlastního otce. V roce 1995 byl přímo ve službě zraněn. Byl pobodán při vyšetřování série případů, v nichž pachatel zamykal děti do skříní a následně vraždil jejich rodiče.

Po příjezdu na Floridu vstoupil do služeb policie v Miami Dade jako detektiv. Později byl přeřazen k pyrotechnikům, kde se jeho nadřízeným stal Al Humphries. Tento starší policista, hluboce Cainem respektovaný, se stal jeho přítelem. Humphries byl později při zneškodňování bomby zabit.

Horatio měl také pracoval v utajení v Pensacole (na Floridě) na začátku devadesátých let (což je v přímém rozporu s tím, že měl až do roku 1995 pracovat v New Yorku). V té době chodil s ženou, jež o sobě prohlašovala, že se jmenuje Julia Eberlie, a s níž zplodil syna jménem Kyle. Julia mu existenci syna zatajila, a tak se o Kylovi dozvěděl až o šestnáct let později. Později se měl vrátit do Miami jako detektiv, a scénáristé se tuto časovou nerovnalost pokusili skrýt do jeho předchozí práce pyrotechnika.

Nakonec Caine přijímá nabídku k přechodu do kriminální laboratoře na pozici řadového pracovníka. Po odchodu vedoucí laboratoře Megan Donnerové (z důvodu úmrtí jejího manžela), se stává Horatio definitivně vedoucím.